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1168 übernahm Herzog Heinrich der Löwe, ein Welfe, den Ort. Zu diesem Zeitpunkt war er als Heinrich III. Herzog von Sachsen und als Heinrich XII. zugleich Herzog von Bayern. Nach seiner Entmachtung 1180 ging die Siedlung für mehr als 700 Jahre an die Wittelsbacher.
Die wichtigste Einnahmequelle war der Handel mit Salz aus Hallein.
Zwischen 1393 und 1503 unter den drei letzten niederbayerischen Herzögen Heinrich, Ludwig und Georg, genannt die Reichen, erlebte Burghausen eine Blüte- und Glanzzeit. Das herzogliche Salzmonopol im Jahr 1594 bedeutete den Verlust der Einnahmen aus dem Salzhandel. Nach dem Bayerischen Erbfolgekrieg von 1778/79 und dem anschließenden Frieden von Teschen wurden dem Herzogtum Österreich von Passau bis Salzburg alle Gebiete östlich der Salzach und des Inns zugesprochen.